Program Studi Fisika Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang didirikan oleh kelompok fisika profesional pada tahun 2003. Penyelenggaraan Program Studi Fisika Fakultas Sains dan Teknologi UIN Maulana Malik Ibrahim Malang dilakukan berdasarkan Rekomendasi Dirjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional No. 3445/D/T/2002 tanggal 20 Nopember 2002 dan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam ( Dirjen Bagais) No DJ.II/59/2003 tanggal 24 April 2003 tentang penyelenggaraan Program Studi Fisika jenjang S1. Pada saat itu Program Studi Fisika dibawah naungan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Malang. Tanggal 23 Januari 2004 keluar Keputusan Bersama Menteri Pendidikan Nasional dan Menteri Agama Republik Indonesia No 1/0/SKB/2004 yang memberikan persetujuan tentang perubahan STAIN Malang menjadi UIN Maulana Malik Ibrahim Malang yang diikuti dengan persetujuan Diknas tentang penyelenggaraan Program Studi Fisika jenjang S1 di UIN Maulana Malik Ibrahim Malang yaitu berdasarkan SK Mendiknas No 05/MPH/HK/1004. Persetujuan perubahan STAIN Malang menjadi UIN Maulana Malik Ibrahim Malang dipertegas dengan Kepres No 50 tanggal 21 Juni 2004. Dengan demikian sejak tanggal 21 Juni Program Studi Fisika berada di Fakultas Sains dan Teknologi yang berada dalam naungan Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim  Malang sampai sekarang.

Sejak saat itu Program Studi Fisika meningkatkan pengetahuan para tenaga pengajar dengan memberikan kesempatan studi lanjut ke S3. Hal ini dimaksudkan untuk mendukung bahwa fisika merupakan ilmu tentang alam dan teknologi. Secara umum fisika membahas semua aspek yang berkaitan dengan alam dan perkembangan teknologi seperti proses terbentuknya dan aktifitas alam semesta, proses penelitian dan perkembangan teknologi elektronika dan informasi, robot dan masih banyak lagi bidang-bidang yang digeluti.  Dewasa ini perhatian ilmuwan lebih tertuju pada fisika, dan bahkan dapat dikatakan dunia sedang memasuki abad fisika. Hal ini merupakan suatu kenyataan tentang betapa semakin pentingnya fisika bagi masyarakat serta semakin dibutuhkannya fisika untuk peningkatan kesejahteraan hidup masyarakat.

Hasil-hasil pengembangan fisika dalam bentuk teknologi modern telah membuka wawasan semua orang tentang kenyataan bahwa di masa yang akan datang kelangsungan kehidupan manusia akan sangat tergantung pada fisika. Di samping itu, untuk menggugah kesadaran akan ekologi dan kekayaan alam kehidupan, serta berbagai dampak kegiatan manusia pada lingkungan hidup. Tidak dapat dipungkiri lagi bahwa fisika berada pada garda terdepan pembangunan bangsa.

Hal lain yang merupakan fenomena di masyarakat yang perlu dicermati adalah munculnya keinginan  masyarakat atau warga negara untuk dapat berperan serta lebih efektif dalam suatu demokrasi dan memberikan analisis yang tajam dan akurat  terhadap masalah-masalah yang melibatkan prinsip-prinsip fisika dan kesejahteraan manusia. Keinginan tersebut akan dapat tercapai  bila masyarakat memiliki ilmu pengetahuan yang dapat dimanfaatkan untuk meningkatkan nilai kehidupan. Ilmu pengetahuan tersebut  tidak lain adalah fisika yang merupakan bagian integral dari sains dan teknologi. Sains dan teknologi sendiri merupakan tulang punggung pembangunan nasional.

Menyongsong era industrialisasi di Indonesia, pengembangan secara terus-menerus dan berkelanjutan terhadap fisika menjadi suatu keharusan bagi bangsa Indonesia terutama saat memasuki abad 21. Pengembangan bagian-bagian dari fisika seperti bidang Fisika Atom, Fisika Komputasi, Fisika Kedokteran, Fisika Elektronika dan Instrumentasi dan Geofisika tidak dapat ditunda lagi, sebab secara nyata telah menunjukkan peran yang sangat vital dalam menunjang pengembangan industri.

Berbagai upaya yang telah dilakukan untuk pengembangan fisika, di samping untuk memenuhi kebutuhan  materi dan energi bagi kelangsungan hidup yang terus meningkat seperti yang dirasakan pada saat ini, juga  ditujukan untuk mengejar ketertinggalan fisika  di Indonesia dari negara-negara lain, khususnya negara-negara di kawasan Asia, dan dunia pada umumnya.  Melalui pengembangan penelitian terutama penelitian di bidang fisika murni yang akseleratif, ketertinggalan tersebut diharapkan dapat teratasi. Inilah yang merupakan tugas utama bagi perguruan tinggi dan fakultas atau Program Studi  yang bergerak di bidang pengembangan keilmuan murni dalam hal ini fakultas Sains dan Teknologi.

Program Studi Fisika sebagai bagian dari Fisika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA) dikembangkan berlandaskan pemikiran bahwa Al-Qur’an adalah sumber dari segala sumber ilmu pengetahuan, khususnya fisika. Berdasarkan hal ini, maka pencarian kebenaran dalam fisika, tidak hanya terbatas melalui kebenaran ilmiah saja, melainkan juga melalui penggalian kebenaran melalui sumber yang lebih lengkap atau komprehensif. Dalam hal ini antara ilmu dan agama dilihat dan difungsikan secara padu, selain sama-sama untuk menggali kebenaran juga masing-masing bersifat komplementer.  Al-Qur’an akan dapat dipahami secara lebih luas jika menyertakan fisika, dan sebaliknya fisika akan berkembang jika mendapatkan inspirasi dari penuturan Al-Qur’an. Bahkan dengan mempelajari fisika, akan diperoleh pemahaman terhadap Islam yang benar dan menyeluruh.